Nhiều tài liệu lịch sử có ghi chép ngựa Phú Yên. Sách Đại Nam nhất thống chí có chép: "ngựa ở Phú Yên các huyện đều có, trên đường làng ngựa đi từng bầy, người ta buôn bán và chuyên chở. Đàn bà cưỡi ngựa rất giỏi". Lê Quý Ðôn đã từng viết trong quyển Vân Ðài Loại Ngữ: "Nước ta, tỉnh Tuyên Quang và Cao Bằng đều sẵn nhiều ngựa. Phủ Phú Yên và xứ Quảng Nam càng nhiều ngựa, hàng trăm, hàng ngàn, thành đàn như là trâu dê. Khách buôn, đàn bà cũng cưỡi ngựa, dùng ngựa thồ hàng rồi bán luôn cả ngựa". Ngựa Phú Yên từng có một thương hiệu là "giống tốt nhất ở Trung kỳ". Ngựa Phú Yên được triều đình nhà Nguyễn xếp vào loại ngựa dụng. Vua Minh Mạng, Thiệu Trị, Tự Đức thích dùng ngựa Phú Yên và giao cho quan lại Phú Yên tuyển chọn, chăm sóc những con ngựa quý để đưa về Kinh, họ giao cho Phú Yên phải mua ngựa nộp và cắt cử người về kinh hướng dẫn việc nuôi ngựa. Việc các quan Phú Yên tiến dâng ngựa tốt được ghi vào sách Thực lục.

Cristoforo Borri từng có 8 ngày đi trên lưng voi ngựa của ông và đoàn tùy tùng quan trấn thủ Pallucambi đến cảng thị Nước Mặn. Nhiều cuộc khởi nghĩa của nông dân vùng này luôn gắn với việc sử dụng ngựa chiến, như khởi nghĩa Tây Sơn với vó ngựa một trời nam chinh bắc chiến. Khi có giặc đến, ngựa thồ được huấn luyện thành ngựa chiến[1]. Trong chiến tranh, người ta huy động một số lượng lớn ngựa Phú Yên để thồ gạo muối, phục vụ chiến trường liên khu V. Ngựa Phú Yên từng được xuất khẩu ra nước ngoài với số lượng lớn. Một số người Pháp cho rằng: "Ngựa Phú Yên dai sức và hung dữ, dân Phú Yên thường bắt ngựa con làm việc nhiều, ít quan tâm đến việc quản lý và chăm sóc chúng nên khi đưa ra thị trường, thường giá ngựa thấp hơn giá trị vốn có của nó".

Vào đầu thế kỉ XX, theo Laborde (trong La Province de Phú Yên): "Người ta có thể hiểu rằng loài ngựa trong một thời gian dài cũng được tính vào những tài sản ít ỏi của tỉnh. Cũng như ở các nơi chúng đều bị giảm giá, những nhà buôn người Âu và nhất là các thân hào bản xứ vốn biết danh tiếng của ngựa Phú Yên nay không dùng chúng nữa mà quay sang "ngựa sắt" (les"chevaux" de l’automobile), khiến cho người chăn nuôi dần dần kém mặn mà với việc nuôi ngựa. Tuy vậy nghề này vẫn tồn tại, đơn giản chỉ để phục vụ việc đi lại". Đến tận nửa sau thế kỷ XX, trừ những cuộc đua, ít thấy người ngồi trên lưng ngựa, song vẫn còn phổ biến loại hình khác, nhưng con ngựa và cỗ xe ngựa Bình Định hầu như vắng bóng trên các làng quê và phố thị, đến thời điểm hiện nay, không ngọn núi nào còn dấu ngựa rừng, do đó ngựa nhà cũng trở nên ít ỏi, không quá vài ba cỗ xe ngựa, từ Đập Đá vào[3].